San Juan Bautista był statkiem zbudowanym w Japonii na początku 1600 roku, na wzór Galeonu. W tamtym czasie był to duży japoński statek morski typu zachodniego o masie około 500 ton, zbudowany przy współpracy Sebastiana Vizcaino, Hiszpana, który przebywał w Sendai w Japonii. Według ówczesnych dokumentów historycznych mówiono, że został zbudowany około 45 dni przy użyciu 800 stolarzy, 600 kowali i 3000 różnych sił ludzkich.
W 1613 r. Przeprawa przez Pacyfik w celu negocjacji handlowych z Hiszpanią. Żaglowcem używanym w tym czasie był San Juan Bautista.
W 1993 r. Ukończono remont drewnianego statku w prefekturze Miyagi - Ishinomaki, który został wystawiony na pomoście cumowniczym.
W 2011 roku, został uszkodzony przez katastrofę spowodowaną trzęsieniem ziemi wraz z obiektami